故事舞台在虚构的"木桶镇",游戏主角乐乐回到从小生长的木桶镇后,发现镇上的猫变得嚣张跋扈,还不时与人类及狗狗开战,小镇已失去了昔日平静的生活…于是乐乐便找回以往的死党阿康与阿吉,一起调查事情幕后的黑手。
阿猫阿狗2代,故事延续一代的剧情,描述乐乐从大都市救灾完返回木桶镇后,却发现木桶镇因为大都市企业的“人心污染计划”而变的纷乱不堪,于是乐乐再次跟昔日的伙伴合作,为了守护家园而战。